Действие игры Призрак Цусимы происходит в 1274 году, во время первого монгольского вторжения в Японию, когда остров Цусима был захвачен и разорён Монгольской империей. Главный герой, японский самурай по имени Дзин / Jin, в одиночку даёт бой превосходящим силам монголов, опираясь на старые самурайские традиции и необычные методы борьбы. Предводитель монголов, Хотун-хан, описывается как «пугающе здравомыслящий убийца». Моделями для внешности Дзина и Хотун-хана послужили актёры Дайсукэ Цудзи и Патрик Галлахер соответственно. Остров Цусима в игре представляет собой открытый мир, по которому игрок может передвигаться свободно; на нём имеется множество примечательных мест — от бамбуковых зарослей до замков.